لما كان التوقيف الإداري والتوقيف القضائي إجراءين يقصد منهما حماية أمن المجتمع ، كما انهما يمثلان قيداً على حرية الفرد الذي لم تتخذ ضده أية عقوبة مقيدة للحرية ، إلا أن الاختلاف بينهما:-
1- من حيث الاختصاص فان قرار التوقيف الإداري تصدره سلطة غير قضائية هي السلطة التنفيذية ، وتستند في ذلك نصوص تشريعية خاصة مرتبطة في الغالب بفترة زمنية محددة أما التوقيف القضائي فلا يصدر إلا عن سلطة مختصة بالتحقيق أو المحاكمة أي عن جهة قضائية مختصة ، وتستند في ذلك إلى نصوص قانون أصول المحاكمات الجزائية
2- من حيث الأساس نجد أن الإدارة تستند عند إصدارها قرار التوقيف الإداري على توافر حالة الخطورة أو حالة الاشتباه في الشخص أما قرار التوقيف القضائي الذي تصدره السلطة المختصة يستند إلى توجيه تهمة محددة تنسب إلى الفرد عند توافر بعض الأدلة ضده .
3- من حيث المدة فان قرار التوقيف الإداري ليس له مدة محددة فقد تطول أو تقصر,أما قرار التوقيف القضائي فتحد مدته فور اتخاذه من الجهة التي تصدره ، ويتم تجديد هذه المدة كلما اقتضت الضرورة ذلك على ان لا تتجاوز مدة العقوبة التي حددها القانون للجرم موضوع التوقيف
4- من حيث طرق الطعن ، فان قرار التوقيف الإداري يخضع للطعن أمام محكمة العدل العليا باعتباره قراراً إدارياً أما قرار التوقيف القضائي فانه يخضع إلى طرق الطعن أمام المحاكم العادية