وعلى غرار البشر، تتغير فيروسات الانفلونزا باستمرار لدى الخنازير. غير ان تلك الحيوانات تملك في مجاري جهازها التنفسي لواقط تستشعر فيروسات انفلونزا الخنازير والبشر والطيور.
بالتالي اعتبرت الخنازير بؤرا تساهم في ظهور فيروسات جديدة نتيجة اعادة التركيب الجينية الناجمة عن حالات العدوى المتوالية.
وتثير هذه الفيروسات الهجينة المخاوف من ظهور فيروس جديد للانفلونزا، فتاك على قدر ما هو فيروس انفلونزا الطيور لكنه يعدي كانفلونزا البشر. وقد يكون هذا النوع من الفيروس الذي يجهله جهاز المناعة البشري قادرا على اطلاق وباء انفلونزا.

وظهرت تركيبات جديدة من الفيروس مع مرور الزمن، على غرار اتش1ان1 والفيروسات الاخيرة التي تم فرزها اتش1ان2 واتش3ان2 واتش3ان1.
وافادت وزارة الصحة المكسيكية ومختبرات كندية واميركية ان الوباء البشري عائد الى فيروس انفلونزا جديد.

وينتقل انفلونزا الخنازير احيانا الى البشر، لا سيما الذين يحتكون بتلك الحيوانات، لكن سبق ان سجلت حالات من العدوى بين البشر. في الولايات المتحدة احصيت حالتا وفاة بالمرض عام 1976 و1988.

وافادت مراكز مراقبة الامراض الاميركية في 17 نيسان/ابريل عن اصابة طفلين في التاسعة والعاشرة من العمر، لم يحتكا بخنازير. وانبثقت الحالتان من فيروسات مشابهة تحمل تركيبة جينية فريدة حتى الان، لم تندرج في لوائح فيروسات الخنازير والبشر في الولايات المتحدة او اي مكان اخر، بحسب المركز الاوروبي لمراقبة الامراض. واحصيت في الولايات المتحدة خمس حالات مماثلة (كاليفورنيا، تكساس).

ولا يقدم اللقاح ضد الانفلونزا الموسمية الحماية من انفلونزا الخنازير.
واضاف المركز ان تناول لحم الخنزير لا يشكل خطرا بنقل العدوى لان حرارة الطهو (71 درجة مئوية) كفيلة بالقضاء على الفيروسات والجراثيم.